両親を亡くしたﾊﾘｰ･ﾎﾟｯﾀｰがﾎｸﾞﾜｰﾂ魔法魔術学校に入学し､ﾊﾘｰの両親を殺した闇の魔法使いｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄの野望をを阻止するまでの一年間を描く｡
〜ストーリー〜
(注)ネタバレ有り
10年前に両親を交通事故で亡くし、叔母の家に引き取られたﾊﾘｰ･ﾎﾟｯﾀｰは､同い年の従兄と比べられ､いじめられる孤独な毎日を送っていた｡ある日、ﾊﾘｰ宛にﾎｸﾞﾜｰﾂ魔法魔術学校から入学許可証が届く｡しかし叔母夫婦は､ﾊﾘｰの魔法学校への入学を阻止しようとし、ﾊﾘｰを連れて人里離れた海の上の小屋に逃げ出した｡そんな叔母一家の前に､ﾊｸﾞﾘｯﾄﾞと名乗る男が現れ､本当の生い立ちをﾊﾘｰに告げる｡ﾊﾘｰの両親は､闇の魔法使いｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄ卿に殺され、生後間もないﾊﾘｰも殺そうとしたのだ｡しかし母親がﾊﾘｰを庇った魔法のおかげで､ｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄは邪悪な魔法が自身にはね返り､逃げ去った｡そして両親の家から叔母の家に連れてこられたという事実をﾊﾘｰは知る｡次の日､ﾛﾝﾄﾞﾝで魔法使いが出入りするﾀﾞｲｱｺﾞﾝ横丁へ連れてこられ､学校へ入学するための準備をすることになる｡
全寮制の魔法魔術学校に入学したﾊﾘｰは､友人ﾛﾝやﾊｰﾏｲｵﾆｰとともに所属することとなる｡魔法界の名家の出であるﾄﾞﾗｺとは対立を深めていく中、ﾊﾘｰは箒の才能を見出されｼｰｶｰとなる｡ﾊﾘｰとﾛﾝはすぐに親友になった｡ﾛﾝは､ﾊﾘｰに魔法界の習慣を教えてくれる｡一方､ﾊｰﾏｲｵﾆｰと二人は､そりがあわず喧嘩することになるが、ﾄﾛｰﾙとの対決でお互い助け合ったﾊﾘｰ達はﾊｰﾏｲｵﾆｰも親友とし､三人で行動を共にするようになる｡
ﾊｸﾞﾘｯﾄﾞはﾎｸﾞﾜｰﾂの森番をしており､ﾊﾘｰ達にいろいろ親切に教えてくれるが､賢者の石については口をとざす｡三人は興味を持ち、図書館で賢者の石について調べ始め､校長の友人が賢者の石を作った事を知る｡教師のｽﾈｲﾌﾟが､賢者の石を盗み出してｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄの肉体を取りもどそうとしているという疑いをもつようになった三人だったが､見知らぬ男に賢者の石を守っている三頭犬をどう越えるか教えてしまう｡三人は賢者の石を盗み出そうとする者の後を追って一室へと迫る。ﾛﾝはﾁｪｽで戦い犠牲になって気絶し､ﾊｰﾏｲｵﾆｰは薬の論理ﾊﾟｽﾞﾙを解く｡ﾊﾘｰは､自分が賢者の石を盗もうとしている者と戦っていることを校長に知らせるようにﾊｰﾏｲｵﾆｰ頼む｡そして辿り着いた最後の場所でﾊﾘｰは賢者の石が隠された部屋へ到達する｡
そこでﾊﾘｰが見たのは教師であるｸｨﾚﾙだった｡彼こそがｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄ卿だったのである｡ｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄはｸｨﾚﾙにとりついていて賢者の石を使って復活しようとし、自分の心の奥から望むものを映し出す｢みぞの鏡｣の中からｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄを尻目に賢者の石を手に入れ､ﾊﾘｰはｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄと戦い､彼の野望を阻止する｡その戦いでｸｨﾚﾙは死亡する｡
その後ﾛﾝやﾊｰﾏｲｵﾆｰの活躍が認められ結果的にｸﾞﾘﾌｨﾝﾄﾞｰﾙは寮杯を獲得した｡
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