ﾎｸﾞﾜｰﾂ魔法魔術学校の2年生となったﾊﾘｰ･ﾎﾟｯﾀｰが､親友と共にﾎｸﾞﾜｰﾂ城で起こった｢秘密の部屋｣事件を解決するまでの一年間を描く｡
夏休み､ﾊﾘｰ･ﾎﾟｯﾀｰは叔母の家へ帰省していた｡ある日ﾊﾘｰのもとに､ﾄﾞﾋﾞｰと名乗る妖精が現れ、ﾊﾘｰに魔法学校に戻ってはならないと警告するが拒否される。怒ったﾄﾞﾋﾞｰは叔母達の前で魔法を使い、ﾊﾘｰを学校に行かせないために退学にさせようとした｡人間の世界では魔法を使ってはならないという規定に違反したとしてﾊﾘｰは魔法省から警告を受ける｡部屋に監禁されたﾊﾘｰは､友人達に救いだされ､ﾛﾝの家へと向かった｡
新学期のある日､管理人の猫が石になる事件が起こる｡その後､生徒が石にされる事件が立て続けに発生し､伝説と化していた｢秘密の部屋｣が開かれたのではないか､という疑惑が広まる｡ﾊﾘｰ､ﾛﾝ､ﾊｰﾏｲｵﾆｰの3人は､ﾄﾞﾗｺではないかと考え､話を聞きだそうと計画する｡
ｸﾘｽﾏｽ休暇が明けたある日､ﾊﾘｰはﾄｲﾚで古い日記帳を見つけ｢秘密の部屋｣事件の概要を知るが、日記を盗まれてしまう｡ﾊｰﾏｲｵﾆｰと女子生徒が襲われる事件が発生し､容疑者だと言われているﾊｸﾞﾘｯﾄﾞがｱｽﾞｶﾊﾞﾝに送られ、校長が停職させられ､城内は不安に駆られる｡
｢禁じられた森｣に向かったﾊﾘｰとﾛﾝは､大蜘蛛から話を聞き､知り合いの幽霊が前回の事件の犠牲者だったのではないかと推測し、話を聞こうと訪ねようとしたが、見つかってしまう｡しかしﾊﾘｰが機転を効かせたおかげで処罰を免れた。ﾊｰﾏｲｵﾆｰが石になって小さな紙切れを握っていた。そこには｢ｽﾘｻﾞﾘﾝの怪物｣の正体が記されていた｡2人は職員室へ向かう途中、ﾛﾝの妹が｢秘密の部屋｣に攫われたので､翌朝､生徒を全員帰宅させることになった｡
ﾊﾘｰとﾛﾝは､怪物退治を任されていたﾛｯｸﾊｰﾄを訪ねて一緒に｢秘密の部屋｣へ連れて行くことにする｡彼女から死んだ時の話を聞き､｢秘密の部屋｣へ続くﾄﾝﾈﾙの入り口の場所に向かったが、ﾛｯｸﾊｰﾄとの間で小競り合いが原因でﾄﾝﾈﾙが崩れ､ﾊﾘｰはﾛﾝとﾛｯｸﾊｰﾄを残して1人で｢秘密の部屋｣へ向かった｡｢秘密の部屋｣で16歳のﾘﾄﾞﾙがいるのを見て｢ﾘﾄﾞﾙは50年前の生徒だったはずだ｣と驚く。
ﾊﾘｰに､｢これは50年前の記憶｡一連の事件は全て自分がやらせ､自分は復活するのだ｣と明かす｡ﾘﾄﾞﾙは自らの正体が学生時代のｳﾞｫﾙﾃﾞﾓｰﾄ卿だと明かす｡自分の目の前にいるこの青年が将来大人になり､ﾊﾘｰの両親や他の魔法使いを殺したのかと思い悩むﾊﾘｰにﾘﾄﾞﾙが､襲い掛かかる｡窮地に陥ったﾊﾘｰのところへに不死鳥のﾌｫｰｸｽが飛んできて手助けする｡ﾊﾘｰは帽子から剣を取り
出して怪物を倒し､その牙を使ってﾘﾄﾞﾙを消滅させた｡
その後､今回の｢秘密の部屋｣事件は全てﾙｼｳｽの陰謀であったことが暴かれ､ﾙｼｳｽは学校の理事をｸﾋﾞになるが石にされた生徒達もみな元に戻り､ﾎｸﾞﾜｰﾂに再び平和が戻った｡
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